El nombre de Jaime Botín ha estado específicamente ligado, desde su fundación, a la marca Bankinter, entidad constituida en junio de 1965 como un banco industrial, al 50% entre el Banco de Santander y Bank of América y que en 1972 salió a cotizar a la Bolsa de Madrid, transformándose en ese momento en un banco comercial totalmente independiente de sus fundadores.
El banquero fue consejero director general de Bankinter desde 1965, consejero delegado desde 1977 hasta 1986, presidente de la entidad entre 1986 y marzo de 2002 y, hasta hoy, máximo accionista de la compañía a través de la sociedad patrimonial familiar Cartival, titular en la actualidad de un 23,19% del capital social del banco.
Asimismo, fue también el creador e impulsor de Linea Directa, aseguradora que nació en 1995 como una joint venture entre Bankinter y Royal Bank of Scotland y que, hasta su salida a Bolsa en abril de 2021, formó parte del Grupo Bankinter.